Forrás: Wikipedia
A klub története
1900-1955 – A hőskortól az élvonalból való kiesésig
A csapat alapítását 1900 februárjában a berlini Franz John kezdeményezte. A müncheni Männerturnverein (MTV) tornaklub futballistái be szerettek volna lépni a Délnémet Labdarúgó-szövetség kötelékébe, ám ehhez az egylet többi tagja nem járult hozzá. „Felháborító ez a kicsinyeskedés! Nem akarunk tovább a tornászok árnyékában élni! Ahhoz, hogy igazán nagy klub lehessünk, önállóságra van szükségünk!” – szólt Franz. Az alapító okiratot 18 labdarúgó írta alá 1900. február 27-én. Az akkoriban még kék és fehér színekbe öltöző futballisták hamarosan a város legerősebb csapatává nőtték ki magukat. Első hivatalos mérkőzésükön 7:1-re legyőzték az MTV újraéledő csapatát – egyébként az első világháború végéig éppen az „anyaegyesület” maradt a Bayern legerősebb városi riválisa. A kezdet kezdetén a gárda még a Clemenstrasse pályáján játszott, csak a Münchener Sport Clubbal való egyesülése után költözött át a lényegesen előkelőbb, a Leopoldstrassén lévő sporttelepre. 1907-től az addig többnyire kék nadrágot viselő futballisták sötétvörösbe bújtak, ez utóbbiról kapta becenevét is a csapat: Roten vagy Rothosen, azaz vörösök, illetve vörös nadrágosok. Az első évtized végére alaposan megerősödött legénység 1910-ben és 1911-ben már szép sikereket ért el: kétszer is megnyerte a bajor bajnokságot. Bár a Bayern akkoriban nem tartozott még Németország legerősebb csapatai közé, már fel tudott vonultatni nemzetközi mércével is kitűnő játékosokat. Max „Gaberl” Gablonsky lett a klub történetének első válogatott játékosa (1910. május 16.). A jobbszélső 1922-ig körülbelül 500 mérkőzésen szerepelt a csapatban. Érdekesség: bár labdarúgóként nem jutott el az 1912-es stockholmi olimpiára, mégis részt vehetett a játékokon, miután tagja lett a 4×100 méteres síkfutóváltónak. El lehet képzelni, milyen futógyorsasággal rendelkezhetett…
A Bayernt schwabingeni klubként jegyezték akkoriban, az első világháborút megelőzően nem is akadt olyan tagja, akinek ne lett volna legalább középiskolai diplomája. A bohémek, a művészek, de legalább annyira a diákok, az értelmiségiek fészkének számító városrész jelentette miliő különös melléknevet adott a Bayernnek: Kavaliersklubnak, azaz a gavallérok, ha úgy tetszik az úriemberek egyesületének tekintették, szemben például a mai élcsapatok közül a Borussia Dortmund vagy a FC Schalke 04 munkásosztályba eredeztetett gyökereivel.
A Bayern 1920-ban és 1923-ban is megnyerte a délbajor bajnokságot. Ekkorra már okkal nevezte magát az egyesület München első számú klubjának, hiszen 700 tagja egyetlen más egyesületnek sem volt. 1925 végén sikerült megállapodni a városi rivális TSV 1860 München vezetőivel, hogy a Bayern bérlője lehessen a Grünwalder Strassén lévő pályának. Egészen az Olimpiai stadion 1972-es felavatásáig az maradt a Bayern „otthona” – azaz a klub közel ötven éven át tulajdonképpen vendég volt még a hazai mérkőzésein is.
A Bayern-futballisták hamarosan Dél-Németország legkiválóbb futballgárdájává nőtték ki magukat. 1926. április 11-én rekordközönség, 26.000 néző előtt a Bayern München 4:3-ra legyőzte a Fürth gárdáját, s története során először, megszerezte a délnémet bajnoki címet. Bármilyen hihetetlennek is tűnik, a statisztikák szerint az egész idényt figyelembe véve Josef Pöttinger nem kevesebb, mint 176 gólt szerzett a bajorok színeiben. Az 1928-as, amszterdami olimpiára utazó német válogatott keretben öt Bayern-labdarúgó is helyet kapott: Conrad Heinkamp, Ludwig Hofmann, Emil Kutterer, Ernst Nagelschmitz és természetesen Josef Pöttinger. 1932–ben a magyar származású, termete alapján „Little”-nek, azaz „Kicsinek” becézett Dombi Richárd keze alatt nyerte meg a gárda az országos bajnoki címet, mégpedig az egész ország futballközvéleményét elkápráztatva, a nürnbergi döntőben 2:0-ra verve az Eintracht Frankfurtot.
A nemzetiszocialisták harmincas évekbeli megerősödése a Bayern Münchent is beárnyékolta. A bajor csapatot ugyanis akkoriban sokan és sokszor csúfolták „zsidó klubnak” elnökének és néhány vezetőségi tagjának származása miatt. A hitleri politika következtében kényszerült lemondani posztjáról Kurt Landauer, az egyesület történetének addigi legnagyobb formátumú elnöke. A Harmadik Birodalom idején a Bayern megbélyegzetté vált.
A negyvenes évek a személyes tragédiák (zsidó származású játékosok politikai indíttatású elzavarása, II. világháború, harc közben elesett játékosok) mellett csekély sportsikert hoztak a csapat életében. A Bayern kétszer, 1944-ben és 1945-ben is megnyerte a délbajor Gauligát (Südbayerische Gaumeisterschaft). Mindazonáltal a Gauliga évei többnyire csalódásokat hoztak a Bayern híveinek. A csapat 1933 és 1942 között a 16-os körzetnek nevezett Bajorországban egyszer sem tudott a harmadik helynél előrébb végezni. 1943-ban, miután a 16-os körzetet déli és északi részre bontották, a délbajor körzetben szereplő csapat magára talált. 1932 után először játszhatott az össznémet bajnoki címért, ám az álmokat hamar összetörte a VfR Mannheim elleni vereség. A Bayern Hitler uralmának 12 éve alatt a német bajnokság összesített táblázatán mindössze a 81. helyet foglalta el! A háborút követő években folytatódott a vesszőfutás. Az 1949-50-es években például 70 gólt kapott a csapat! A mélypont azonban még csak ezt követően jött. 1945 és 1955 között kilenc edző váltotta egymást, hogy aztán a Bayern München az Oberliga Südből az 1954-55-ös idény végén, története során először, kiessen a másodosztályba.
1955-1965 – Rögös út a Bundesligába
A Bayern mindössze egy évet töltött a purgatóriumban. Ezt követően azonban elmaradtak a sikerek: 1957-ben a tizedik, egy évvel később pedig a hetedik helyen végeztek az Oberliga Süd tabelláján. A Bayern a legnagyobb jóindulattal is csak középcsapatnak volt akkoriban nevezhető a Szövetségi Köztársaságban. A DFB-kupa 1935-ös indulása óta még csak tizenhat közé sem jutó csapat ugyanis megnyerte a német kupát, annak ellenére, hogy a közvélekedés a Fortuna Düsseldorfot tartotta az összecsapás esélyesének (1-0).
Bár az 1958-as világbajnokságon szerepelt válogatottban nem volt Bayern-játékos, az azt követő években a bajor csapat újra a legjobbakkal vetélkedett, s általában az élmezőnyben végzett. A gárda az 1962-63-as idényben mutatta meg magát először a nemzetközi porondon: a Vásárvárosok Kupájában (VVK) egészen a negyeddöntőig jutott, ahol az akkoriban jugoszlávnak számító Dinamo Zagreb már túl nagy falatnak bizonyult (1-4 Münchenben, 0-0 Zágrábban).
A déli csoportnak jutó helyeket az Eintracht Frankfurt, az 1. FC Nürnberg és a TSV 1860 München kapta meg. A Bayern vezérkara dühös volt a kirekesztés miatt, úgy gondolták, hogy igazságtalanul sorolták hátra az egyesületet. Sokan gondolták úgy, hogy elsősorban a városi rivális 1860 München okolható azért, hogy a klub nem kapott lehetőséget a Bundesliga-szereplésre. Ám nem volt mit tenni, a csapat számára maradt a második vonal, az amatőrliga, a Regionalliga Süd. Wilhelm Neudecker elnök válasz gyanánt 1963 nyarán igazi sztáredzőt szerződtetett a csapat élére a horvát Zlatko „Csik” Csajkovszki személyében.
Csajkovszki csapata az első évében rögvest osztályozót játszhatott a Bundesligába kerülésért, ám elbukott. Az ezt követő 1964-65-ös idény két momentum miatt nevezhető kulcsfontosságúnak a Bayern München történetében: először is mert a gárda kivívta a jogot, hogy a következő szezonban már a legjobbak között indulhasson; másodszor pedig azért, mert ebben az idényben játszott először együtt a Sepp Maier-Franz Beckenbauer-Gerd Müller-tengely.
1965-1976 – Európa trónján
Az új, fiatal aranygenerációval, Gerd Müllerrel, Franz Beckenbauerrel és Sepp Maierrel a soraiban nagy álmokat dédelgetett a Bayern München. 1965-ben megnyerték a bajorországi Regionaligát, és feljutottak a nyugat-német első osztályba, ahol a következő szezonban mindjárt a 3. helyen zártak, és megnyerték a kupát. Első alkalommal kvalifikálták magukat a KEK-be. Franz Beckenbauert választották meg az év játékosának NSZK-ban.
Az 1966/67-es szezon kiválóan alakult a müncheniek számára. Címet védtek a kupában és hosszabbítás után 1-0-ra megnyerték a KEK-et legyőzve a Glasgow Rangerst Franz Roth 109. percben szerzett találatával. Gerd Müller a Bundesliga gólkirálya llett 28 góllal megosztva Lothar Emmerichel. A következő szezon egy trófea nélküli szezonra sikeredett.
1968-ban Branko Zebec lesz az edző, aki a bajorok nagy megrökönyödésére betiltja a sör fogyasztását. Szerencséjére a sikerek nem váratnak magukra ugyan is a csapatnak sikerül a „duplázás“(a Német bajnokság elnyerése 8 ponttal az Alemannia Aachen előtt és a kupa elnyerése a Schalke ellen). Gerd Müller megint gólkirály lett. Ez időben megjelenik egy csapat, amely a Bayernt még hosszú ideig, mérgesíteni fogja, Borussia Mönchengladbach. A „csikók” nyerik 1970-ben és 1971-ben a bajnokságot, mindkétszer a Bayern előtt. 1970-ben újra Gerd Müller a bajnokság gólkirálya. Az 1968/69-es Bundesliga szezon a Bayern győzelmével zárul. A csapat első alkalommal lett a Bundesliga bajnoka. 1970-ben Gerd Müller lesz az első német aki megnyeri az Aranylabdát.
1972-ben a csapat beköltözik az Olimpia stadionba és Udo Lattek lesz az edző. Ebben az évben a Bayern lesz a bajnok. A pontok állása a bajnokság végén 55:13 (a győzelem csak két pontot ér),ez is azóta Bundesliga rekord. Valamint elnyerik a kupát is a Kölnt megverve a döntőben 2:1-re. Ebben az évben Franz Beckenbauer lesz az év legjobb játékosának járó díjjal, az Aranylabdával kitüntetve. Gerd Müller is beállít egy rekordot: az 1971-72-es Bundesliga szezonban 40 találatig jutott, ami azóta is abszolút rekord. Sőt az 1972-es naptári évében egy 40 évig fennálló rekordot állított be amit 2012-ben döntöttek meg: január 1-től december 31-ig 84 gólt szerzett. NSZK első alkalommal Európa bajnoknak mondhatta magát, melyben a Bayern játékosok nagy része oroszlánrészt vállalt, többek között Beckenbauer és Gerd Müller.
Lattekkal még kétszer egymás után elnyerik a bajnokságot valamint először 1974-ben a BEK-et nyerték meg. „Katsche” Schwarzenbeck egy perccel a hosszabbítás vége előtt kiegyenlített, az Atlético Madrid ellen (1:1), így egy újabb mérkőzésre került sor Brüsszelben ahol a Bayern München 4:0 arányban nyert (gólok: 2 Uli Hoeneß, 2 Gerd Müller). A BEK-ben elért 8 góllal Gerd Müller lett a gólkirály. Otthon, Németországban zsinórban harmadjára lettek bajnokok, ismét Gerd Müller lett a gólkirály. Az UEFA-szuperkupa politikai okok miatt maradt el, mert a Kelet-német Magdeburggal kellett volna megmérkőzzenek ezért a trófeáért. Udo Lattek leköszönt, az új edző a német Dettmar Cramer lett. A világkupa szerepléstől visszaléptek, így helyettük a BEK döntős Atletico Madrid indult.
Nyáron Nyugat-Németország megnyeri a 1974-es világbajnokságot a müncheni döntőben 2-1-re, ahol a müncheni születésű Franz Beckenbauer vehette át a trófeát. Bayern-játékos minden mérkőzésen kapuba talált, kivéve az egyetlen vesztes mérkőzésen, amikor a Nationalelf Kelet-Németországtól kapott ki. A világbajnok válogatottban hét Bayern-játékos szerepelt: Sepp Maier, Paul Breitner, Hans-Georg Schwarzenbeck, Franz Beckenbauer, Gerd Müller, Uli Hoeneß és Jupp Kapellmann.
1975-ben másodjára nyerik meg a BEK-et. A döntőben a Leeds United felett diadalmaskodik a Bayern, bár egy kis szerencse is szükségeltetett hozzá Párizsban. Ebben az évben a hangsúlyt a BEK-re fektették, ami meg is látszott a bajnokságbeli helyezésükön: a 10. helyen zártak, ám BEK címvédőként a következő szezonban ismét indulhattak Európa legrangosabb labdarúgó sorozatában. A kupában sem értek el jelentős eredményt. Az UEFA-szuperkupába ismét kvalifikálták magukat, mivel megnyerték a BEK-et, ám most sem sikerült elhódítani azt. A Gyinamo Kijev oda-vissza verte a németeket, összesítésben 3-0-ra győztek a szovjetek. A nem ideális időpontok miatt ismét elmarad a világkupa szereplés, de most az ellenfél Independiente számára is.
1976-ban a BEK döntőben az AS Saint-Étienne ellen Glasgowban győztek a bajorok 1:0-ra Roth góljával. A Bayern mivel harmadjára nyerte meg a BEK-et, a két másolat után a szabályok értelmében megkapja az eredeti serleget. A döntőig legyőzték a luxemburgi AS Jeunesse Escht 8-1-es összesítéssel, a nyolcaddöntőbenMalmö FF -t szoros párharcban, 2-1 összesítéssel. A negyeddöntőben az SL Benficát 0-0 után 5-1-re győzte le Bayern, majd az elődöntőben az előző szezon Németország bajnokaként értelemszerűen induló Borussia Mönchengladbachot kiejtő Real Madridon léptek tovább a döntőbe 3-1-es összesítéssel. A bajnokságban az előző év utáni szégyenteljes szereplést követően magukat megemberelve a 3. helyen zárt a Bayern. A győztes az előző évhez hasonlóan a Borussia Mönchengladbach lett. A ’70-es évek legnagyobb riválisa a Bayern számára. A kupát nem tudták megnyerni. Az aranykorszak levirágzását követően ínséges időszak köszöntött be a Bayern München számára.
1976-1979 – A változások időszaka
Következnek a változások évei, trófeák nélkül. A ’70-es éveket jellemző Bayern München uralom az évtized végére eltűnt, és fontos reformációkon ment át a csapat. Ennek a kiváltó oka többek között a játékosok kiöregedése volt.
Az 1976-os Európa-bajnokságon NSZK büntetőpárbajban maradt alul Csehszlovákia ellen. Uli Hoeness visszavonul a válogatottságtól. Kezd érződni, hogy generáció váltásra van szükség, a legjobbak a visszavonulás gondolatával játszadoznak. Franz Beckenbauert 4 év elteltével életében másodjára választják meg az év legjobb labdarúgójának.
A nyáron ismét kudarcba fulladt az UEFA-szuperkupa megnyerésének terve, mivel az Anderlechtellen sikerült elérniük egy 2-1-es győzelmet, de nem bizonyúlt elégségesnek. A visszavágót 4-1-re a belgák nyerték. Az év végén élnek történetük során először a Világkupa indulásjogával. Megnyerik a müncheni talákozón Cruzeiro ellen 2:0 arányban, majd Belo Horizonteban gól nélküli döntetlent értek el, így megnyerték a trófeát. Az 1976-77-es szezont követően nagy volt az elégedetlenség, mivel egy az elvárásokon aluli szezont produkált a BEK címvédő. A bajnokságban 7. helyen zárt a csapat. Ez a helyezés nem ért BEK induló helyet, és mivel megszakadt az európai uralom, címvédőként sem indulhatott a csapat a következő BEK sorozatban. A csapat két házi negatív rekordot tudhat a szezont követően a magáénak: 65 kapott góllal zárták a Bundesliga idényt, valamint csúfosan 0-7 arányban szenvedett vereséget a csapat a Schalke 04 ellen. A kupában a negyeddöntő jelentette a végállomást. Az első körben 10-0 arányban győzte le az egyesület a Hannover amatőr csapatát (velük párhuzamosan a 3-1-es eredménnyel jutott tovább az a matőrcsapat), a második körben 5-1-re páholta el a Hamburger SV-t a Bayern (az egyesület amatőrcsapata 2-1-es győzelemmel múlta felül ellenfelét), a harmadik körben 10-1-re győzedelmeskedett a TV Unterboihingen felett a profi csapat (az amatőrcsapat 2-1-es eredménnyel jutott tovább a VfB Stuttgart ellen), a nyolcaddöntőben a Bayern München két csapata egymással találkozott. A döntő mérkőzést a profi csapat nyerte 5-3-ra . A negyeddöntő jelentette a megállást a csapatnak, amikor hosszabbítás után 2-4-re kapott ki a később döntőt játszó Hertha Berlintől. A BEK-ben szintén az elődöntőig jutott a csapat. A Køge BK csapatát összesítésben 7-1-re győzték le a bajorok, a következő körben az FC Baník Ostravat 6-2-re múlta felül a csapat összesítésben, miután az első mérkőzésen 1-2-re kapott ki a csapat. A negyeddöntőben a Gyinamo Kijev ellen hiába győztek a németek, mert végül 1-2-es összesítéssel alul maradtak. A szezon végén Franz Beckenbauer visszavonul a válogatottságtól, és az Egyesült Államok New York Cosmos csapatába igazol.
Az új idényben feltámadásra vártak a egyesületet illetően, viszont a jószereplésre decemberre már nem volt remény. Lóránt Gyula érkezett Dettmar Cramer helyére. A bajnokság története során másodjára kevesebb gólt szerzett a Bayern, mint amennyit kapott (62:64), végül egy saját negatív rekordot állított fel a csapat a 32 (ekkor maximum 68 pontot lehett szerezni, mert Németországban a győzelem 2 pontot, a döntetlen 1 pontot ért) szerzett pontjával, ami a 12. helyre volt elegendő. A szezon első felében még Dettmar Cramer vezetése alatt kiesett a csapat a kupa a harmadik körében. 1975 óta komoly térdsérüléssel küszködő Uli Hoeneß kölcsönbe megy az Nürnbergbe.
Paul Breitner 4 év után visszatér a csapatba. Összeáll a „Breitnigge” duó: Rumennigge és Breitner összjátéka nagy erősség a csapat számára, de bármilyen gólerősek is voltak együtt, nem lehetett tőlük elvárni a megváltást. A csapat is fejlődőben volt ekkor. Kezdenek beépülni a fiatal játékosok is, és egyre fontosabb szerepeket kapnak. Február 9.-én Gerd Müller Fort Lauderdale Strikers-be igazol, követi Beckenbauert Amerikába, a labdarúgás népszerűsítésének érdekében és a pályafutása leveztése képppen. Február 28-án Lóránt Gyula vezetőedzőt menesztik, másnap pályaedzője (másodedző) Csernai Pál váltja. Az elnök, Wilhelm Neudecker Max Merkel osztrák edzőt szerette volna hozni Lóránt Gyula helyére. A játékosok tiltakoztak az elnök döntése ellen. Ennek következtében 17 év vezetés után Wilhelm Neudecker lemond elnöki posztjáról. Április 24.-én Uli Hoeneß 27 évesen átveszi Beckenbauer tanácsadójától, Robert Schwantól a menedzseri tisztséget, valamint megválasztják Willi O. Hoffmannt új elnöknek. A bajnokságban ismét nem jött áttörés. A holtponton kezd átlendülni a Bayern. Erről árulkodik a 4. hely, amely UEFA-kupa szereplést érő pozíció. A kupában sem remekelt a csapat a hírnevéhez méltóan, a második körben búcsúztak a tornától. A három sikertelen szezon eredménye egy megújult, fiatal csapat, amely sikeréhességébe és Csernai Pál tapasztalataiba volt fektetve minden bizalom.
1979-1991 – Meghatározó évek
1980-ban megnyeri a csapat, hat hosszú év után a bajnokságot. A szurkolók örömére, még a következő évben is.
1982-ben elnyerik megint a nemzeti kupát,azon a legendás mérkőzésen hol a Nürnberg már 2:0 arányban vezetett és a Bayern a végén 4:2 győzedelmeskedett. Dieter Hoeneß vérző fejjel, turbánnal játszott és még gólt is adott.
A BEK döntőt az Aston Villa ellen elvesztették 0:1. Úgyszintén a német válogatott a világbajnoki döntőt is az olaszok ellen. Megemlítésre méltó, hogy Breitner két világbajnoki döntőben is szerepelt és mindkettőben gólt is lőtt.
Valamint említésre szorul, hogy a Bayern soraiból 1965-1981 között 11-szer lett az év játékosa megválasztva Németországban.
Beckenbauer(4)
Maier(3)
Müller(2)
Rummenigge(1)
Breitner(1)
1983-ban visszajött Lattek, a Bayern megint megnyerte a nemzeti kupát a Mönchengladbach elleni döntőben.
Rummenigge olyan hírnévre tesz szert, hogy még egy angol együttes is az ő szexi térdéről énekel. Nem csoda, ha 11 millió márkáért a milánói Inter csapatához szerződik.
Egy év múlva Sören Lerbyvel és a fiatal Wiggerl Köglel megint bajnokok lesznek,mi több a következő évben megduplázzák,és 1987-ben még egyszer elnyerik a bajnokságot. A szurkolók nagy szomorúságára Bécsben elvesztik a BEK döntőt az FC Porto ellen.
1988-ban Jupp Heynckes lesz az edző azzal a feladattal,hogy Matthäus, Brehme, Eder, Hughes, Michael Rummenigge és Pfaff nélkül, egy új erős csapatot képezzen. Habár 1989 és 1990-ben megnyerik a bajnokságot de a nagy célt, egy nemzetközi kupát nyerni nem teljesítik.
Megemlítendő viszont, hogy Németország 1990-ben megnyeri a világbajnokságot. Soraiban a Bayern játékosokkal: Augenthaler, Reuter, Thon, Kohler, Pflügler, Aumann.
1991-1999 – Az új évezred küszöbén
Az 1991/92. évi bajnokság után Heynckesnek menni kellett, helyére Sören Lerby került, nem nagy sikerrel. Mikor már a kiesés fenyegette a csapatot jött Erich Ribbeck, Franz Beckenbauer és Karl-Heinz Rummenigge is felajánlotta segítségét, ők az elnökhelyettesi posztra kerültek. A 93/94-es bajnokságban a „császár” vette át a csapat vezetését, Ribbeck-től és mindjárt bajnokságot is nyertek.
Jött Giovanni Trapattoni, a játékosok és az újságírók kedvence, sajnos nem sok sikerrel. A 94/95-ös bajnokságban a hatodik helyen végeztek, a Bajnokok Ligájában pedig az elődöntőig jutottak el.
A következő idényben (1995/96) viszont már nem állt meg a csapat az elődöntőben. Igaz, nem a Bajnokok Ligájában, hanem „csak” az UEFA-kupában indultak, az egyetlen jelentős európai kupasorozatban, melynek trófeája még hiányzott a Bayern vitrinjéből. Trapattonit Otto Rehhagel váltotta, aki hozta magával egyik kedvencét, az osztrák Andy Herzogot. Jött még Thomas Strunz, „Ciri” Sforza s Jürgen Klinsmann; közülük kétségtelenül a német válogatott támadó volt a legnagyobb vétel. A Bundesligában botladozott a gárda, melynek következtében a Borussia Dortmund már az őszi záráskor is megelőzte a bajorokat. A tavasszal becsúszott két újabb vereséggel gyakorlatilag már elúszott a bajnoki cím lehetősége, minek következtében Rehhagelnek (az UEFA-kupa-döntő előtti napokban!) távoznia kellett. Helyét maga a Császár vette át. Beckenbauerrel a kispadon a csapat a bajnokság utolsó négy mérkőzésén két győzelem mellett csak két döntetlen produkált, második helyen zárva az idényt a BVB mögött. A Bayern előtt egyetlen javítási lehetőség maradt: az UEFA-kupa döntője. Az elődöntőben a németek otthon döntetlent (2-2) játszottak a Barcelona ellen. Az eredmény a spanyoloknak kedvezett, ám ez kevésnek bizonyult: a Camp Nou-ban kivívott győzelmével (1-2) a Bayern újfent bejutott egy európai kupa döntőjébe – kilenc éves várakozást követően. A fináléban az Intertotó-kupából induló Girondins Bordeaux (főleg a Barça után) nem tűnt veszélyes ellenfélnek. Akkoriban még keveset mondott a világnak Zidane, Lizarazu és Dugarry neve. Ráadásul utóbbi kettő a eltiltása miatt a döntő müncheni első felvonásán nem is játszhatott, így aztán nem meglepő, hogy a Bayern simán, 2-0-ra nyert. A visszavágó már csak formalitás volt: Bordeaux-ban is kettővel nyert a bajor gárda (1-3). A Bayern 1976 után lett ismét nemzetközi kupagyőztes, s csatlakozott a Juventus, az Ajax és a Barcelona előkelő társaságához: Európában csak ez a négy klub tudta megnyerni a BEK-, a KEK- és az UEFA-kupa-sorozatot is. Klinsmann, a szezon hőse egyetlen idény alatt szerzett 15 góljával minden idők legeredményesebb gólszerzője lett a nemzetközi kupák történetében.
A következő szezonra (1996/97) visszatért Trapattoni. A klub leigazolta többek között Mario Baslert (Werder Bremen), Carten Janckert (SK Rapid), s újra újra a Bayern tagja lett Sammy Kuffour (1. FC Nürnberg). A cél mindenki számára világos volt: a bajnoki cím elnyerése. A bajorok az utolsó előtti fordulóban, a VfB Stuttgart legyőzésével húzták be újabb aranyérmüket. Giovanni Trapattoni, a védekezés mestere méltó maradt korábbi önmagához: az Bayern a legkevesebb vereséget (3) begyűjtve és a legkevesebb gólt (34) kapva lett a Bundesliga bajnoka. 1997 nyarán Klinsmann (elérve célját, hogy végre megszerezze pályafutása első bajnoki címét) Olaszországba, a Sampdoriához szerződött. Helyére Uli Hoeness a VfB Stuttgart brazil csatárát, a „mágikus háromszög” egyik tagját, Giovane Elbert igazolta. Mellette még Michael Tarnat (Karlsruhe) és Bixente Lizarazu (Athletic Bilbao) érkezett a csapathoz. A Bayern csak ritkán tudott csúcsformában játszani, ami odáig vezetett, hogy Otto Rehhagel Kaiserslauternje megelőzte a táblázaton. Trapattoni ekkor, sajtótájékoztatón adta elő legendássá vált kirohanását, melyben a nyilvánosság előtt bírálta futballistáit. Trap nem maradt most sem trófea nélkül: a DFB-kupát az MSV Duisburg ellenében Mario Basler utolsó percben lőtt szabadrúgása döntötte el a Bayern javára (2-1).
Őt Ottmar Hitzfeld váltotta fel. Már az első évben megnyerték a bajnokságot,a nemzeti kupa döntőjében és a Bajnokok Ligája döntőjében szerepeltek irányítása alatt. Sajnos a két utóbbit nem sikerült megnyerni.
2000-2003 – Nagy eredmények, nagy meccsek
Fergetegesen kezdte a csapat az új évszázadot. A Manchester United elleni 1999-es drámai vereség után nagy terveket szőtt a csapat Kahn, Effe és Elberrel az élen.
A terveket tettek követték, ezt érzékelhette a Real Madrid mikor is nyolc nap leforgása alatt nyolc gólt kaptak a Bayerntől.(BL-4:2 a Bernabeu-stadionban, 4:1 az Olimpia-stadionban). A középdöntőben megint találkoztak, itt a Real bosszút állt, a 2:0-s otthoni győzelem elegendő volt a Reálnak, mivel a visszavágón 2:1-re tudott csak győzni a Bayern.
A szezon mégis eredményes volt, hiszen a bajnokságban az utolsó fordulóban sikerült a Leverkulsent megelőzni kik az Unterhaching (ők is Müncheniek) ellen veszítettek. Így a bajnokság elnyerése sikerült. A nemzeti kupa döntőjében sikerült a Werder-Brement 3:0 arányban legyőzniük. Tehát a 1999-2000-es szezonban sikerült a duplázás.
A 2000-2001-es szezonban a nemzeti kupában már a második fordulóban kiestek a Magdeburg elleni mérkőzésen. De a bajnokságban 34. forduló után megint az első helyen álltak, és az utolsó fordulóban Patrik Andersson a HSV elleni mérkőzés hosszabbításában szerzett szabadrúgás góljával megnyerik a bajnokságot. Kuriózum, hogy a második helyen álló Schalke 04 ez időben már befejezte mérkőzését (amit megnyert) és már ünnepelte a biztosnak hitt bajnokság elnyerését.
Természetesen egy ilyen siker után nagy önbizalommal utazott a csapat Milánóba a BL döntőjére, amit a Valencia csapata ellen kellett játszani. Oliver Kahn volt a hős, hiszen három büntetőt is kivédett. A döntőt így Milánóban 5:4 arányban megnyerték.
2001/2002-es szezonban nem sikerült sem bajnokságot, sem a nemzeti kupát megnyerni. A bajnokságban csak harmadikak lettek a Dortmund és a Leverkusen után, a nemzeti kupában a középdöntőben estek ki a 2:0-s vereség után amit a Schalketől szenvedtek el. A CL-ben is csak a középdöntőig sikerült, ahol a Real kiütötte őket.
Viszont egy trófeát mégis csak sikerült nyerni, mégpedig nem is akármelyiket. A Boca Juniors Buenos Aires elleni mérkőzésen 1976 után megint elnyerik a világkupát.
A 2002-2003-as szezonban megint sikerült a bajnokságot és a nemzeti kupát is megnyerni. A bajnokságot 16 pont különbségel a második helyezett Stuttgart előtt. A nemzeti kupa döntőjében az FC Kaiserslauternt 3:1-re verték meg. Michael Ballack két gólt is lőtt. Az év játékosa is ő lett. Egyetlen negatívum az a korai búcsú a BL-től. Az első csoportkörben búcsúzni kényszerűltek. A La Coruna elleni mérkőzésen az a Makaay rúgta nekik a gólokat ki egy év múlva már a Bayernben fogja rúgni a bőrt. Makaay már az első idényben 23 gólt szerzett, törlesztve 18,75 millió eurós vételárát (a Bayern addigi legdrágább igazolása), viszont nem nyertek semmit, és ez Ottmar Hitzfeld állásába került. Hitzfeld a klub második legsikeresebb edzője. Az új edző Felix Magath lett, a VFB Stuttgart volt edzője.
2004-2008 – A Magath-éra és Hitzfeld visszatérése
A 2004-2005-ös szezonban a Bayern ismét bajnok lett a kemény edzővel, valamint a kupát is megnyerte a Schalke 04 ellenében, de a BL-ből a negyeddöntőben kiverte őket a Drogba vezette Chelsea. A következő szezonra elkészült az új stadion, a 69 000 fős Allianz Arena. Ez a szezon majdnem ugyanúgy sikerült, mint az előző: hazai porondon megint nem találtak legyőzőre, de a legjobb 16 között búcsúztak a BL-ből az AC Milan ellen. A 2006-os németországi VB-n Philipp Lahm ésBastian Schweinsteiger alapember volt Jürgen Klinsmann válogatottjában, amely végül a bronzérmet szerezte meg: az elődöntő 119. percében Fabio Grosso egy parádés gólt lőtt Jens Lehmannak, majd a kitámadó hazaiak kontrából is kaptak egyet, amit Del Piero lőtt be. A Portugália elleni bronzmeccsen Oliver Kahn is szerepet kapott, Schweinsteiger vezetésével 3-1-re nyertek a németek. A 2006-07-es szezon előtt nagy játékosmozgások kezdődtek a Bayernnél: visszavonult Bixente Lizarazués Jens Jeremies, eligazolt Michael Ballack, Zé Roberto és Paolo Guerrero is. Azonban ez a szezon katasztrofálisan sikerült: a csapat gyenge szezon után csak a 4. lett, Felix Magathnak februárban távoznia kellett. Az edző ismét Ottmar Hitzfeld lett A 2007-2008-as szezon újabb mérföldkő a csapat életében, az előző évi gyengébb szereplés után Uli Hoeness úgy döntött, hogy eljött a bevásrlás ideje, így a Bayern kerete számos új játékossal bővült és régi játékossal gyengült. 2007 nyarán a bőrnadrágosokhoz szerződött többek között az olasz Luca Toni, a brazil Zé Roberto, a francia Franck Ribéry és a német gólzsák Miroslav Klose is. A bombaerős Bayern pedig fantasztikusan kezdte a szezont, elsősorban az új szerzeményeknek köszönhetően. A szezon végén újfent duplázásnak örülhettek Hitzfeld vezetésével, de a várakozásokkal ellentétben az UEFA kupában az elődöntőben búcsúzott a favoritnak tartott Bayern: a Zenit Szentpétervár kiütéses eredménnyel (1-1; 0-4) verte ki a bajorokat, majd a döntőben a Rangerst is megverte. A szezon végén Ottmar Hitzfeld és Oliver Kahn is végleg visszavonult, az új edző a VB-n bronzérmet nyerőJürgen Klinsmann lett.
2008-2011 – Klinsmann és Louis van Gaal
A 2008-as EB-n a tragikus hős Philipp Lahm lett: az elődöntőben győztes gólt szerző szélső hátvéd a döntőben hatalmasat hibázott, amit Fernando Torres gólra tudott váltani; több gól nem is esett a döntőn. A 2008-09-es szezont nagy reményekkel várta a müncheni alakulat, de nem igazán vált be az új edző: a Bayern egy pillanatig sem vezette a bajnokságot, a kupából és a BL-ből is búcsúztak. A szezon vége előtt 5 meccsel menesztették Klinsmannt, és úgymond „tűzoltónak” szerződtették Jupp Heynckest. A szezon végén másodikak lettek a Magath-féle VFL Wolfsburg ellen. A szezon végén az Ajak és az AZ Alkmaar sikeredzője, Louis van Gaal lett a menedzser.
A szezon elég döcögősen indult, a gyenge kezdés mellett a sérüléssel bajlódó Ribéry is távozni akart, mivel nem érezte elég erősnek a keretet; válaszul a klub leigazolta Arjen Robbent, aki a szezon későbbi részeiben nagyon jó választásnak bizonyult. Az ősz a sok sérülés miatt elég gyengére sikerült van Gaal állása is veszélybe került. Az őszi idény kulcsmérkőzése a Juventus-Bayern München meccs volt, ami a BL-továbbjutást érő 2. helyéért ment (a Girondins Bordeaux ekkor már csoportelső volt). De Torinóban, bár már a 2. percben hátrányban voltak, végül sima 4-1-es győzelmet arattak. A nyolcaddöntőben a Fiorentina ellen lépett pályára a csapat, és Münchenben 2:1-re megverte ellenfelét. A visszavágón „csak” idegenben lőtt több góllal ment tovább a bajor csapat, hiszen 3:2-re kikaptak. A következő ellenfél az előzetesen erősebbnek gondolt Manchester United volt. Az odavágón Münchenben Wayne Rooney már a második percben betalált, de aztán a United bekkelt, és a Bayern a meccs végén fordított: előbb Ribéry talált be szabadrúgásból a 77.percben, majd a védők szerencsétlenkedését kihasználva Ivica Olić az utolsó pillanatban fordított. A visszavágó első félórája után azonban nemigen akadt müncheni rajongó, aki továbbjutást jósolt volna, az MU 3-0-ra vezetett. Azonban Olic szépített. A második félidőben Fortuna a Bayern mellé állt: Rafael a 47. percben megkapta 2. sárga lapját, és kiállították. A félidő 2. harmadában pedig Robben továbbjutást érő találatot szerzett. Az elődöntőben nem volt ellenfél nekik az Olympique Lyon: kettős győzelemmel jutottak a BL-döntőbe, ahol az Internazionale Diego Milito duplájával legyőzte őket. Balszerencséjükre Ribéry a Lyon elleni kiállítása után 3 meccses eltiltást kapott, így a döntőben nem játszhatott. A Bayern nem a legerősebb csaptával állhatott ki az olasz csapat ellen. A bajnokságban ősszel még megelőzte őket a Jupp Heynkes vezette Bayer 04 Leverkusen, de tavasszal már bajnokok voltak a Magath-féle Schalke előtt. A DFB-Pokal döntőjében 6-1-re verték a bajnoki harmadik Werder Brement. A szezonban több új felfedezett is volt: a bal(vagy közép)hátvéd Holger Badstuber vagy a jobb oldali támadó Thomas Müller (a 2010-es VB aranycipőse és a Nationalelf kulcsembere; egy meccsen hiányzott, és csak azon kaptak ki a németek). De a siker leginkább Arjen Robbennek köszönhető, aki több meccsen is továbbjutást érő gólt szerzett. A 2010-11-es szezonban ősszel a csapat gyengén teljesített. A Bayern címvédése tavaszra szinte kilátástalanná vált, de a Bajnokok Ligájától is búcsúznia kellett a németeknek a címvédő Internazionale ellen. A müncheniek a Dortmund elleni hazai 1-3 után már csak a kupában maradtak versenyben, de ott is kiestek a Schalke elleni hazai 1-0-s vereséggel, hosszabbítás után. Ezek után Louis van Gaal-t menesztették.
2011-2012 – Jupp Heynckes visszatérése
Louis van Gaalt menesztették posztjáról a BL-ből Internazionale Milano elleni korai kiesés és a csapat gyenge teljesítménye miatt. Utódja a szezon végéig, Andreas Jonker másodedző lett, akivel a Bayern magára talált, de már csak a pótselejtezőt érő 3. helyet sikerült kiharcolni. Viszont Mario Gomez a Bundesliga gólkirálya lett. Nyáron visszatért a korábban többször is itt dolgozó Jupp Heynckes.
A Bayern a 2011–2012-es szezonban a BL halálcsoportjának megnyerése után a döntőig menetelt, először kiejtve az FC Baselt. Az első mérkőzésen 1-0-s vereséget szenvedett, de Münchenben már 7-0-ra végződő mérkőzésen győzött a Bayern, hol Mario Gomez parádézni tudott 4 szerzett találatával. A negyeddöntőben azOlympique de Marseille -t gyűrték le kétszer 2-0-ra megnyert mérkőzésen. Az elődöntőben 3-3-as összesítésig is jutott a Bayern München és a Real Madrid, ahol az idegenben lőtt gólok egyező mennyisége miatt a büntetőpárbaj során dőlt el a továbbjutás kérdése. A döntőben az Chelseavel találkozott, amit Münchenben hazai közönség előtt nem tudott megnyerni. Rendes játékidőben 1-1, tizenegyesekkel 3-4 a Chelsea javára.[20] A kupában a döntőig menetelt, hol a BL döntő előtti szombaton a Borussia Dortmund állta útját, foszlatva szét a kupa megnyerésének reményét 5-2-es eredménnyel. A bajnokságban nem bírta erővel a Bayern, erre részben az is tanúbizonyíték, hogy amíg a Ruhr-vidéki rivális is versenyben volt a BL-ben, tartották egymással a lépést, sőt az őszi szezon bajnoka is lett a Bayern. Főoka a kulcsjátékosok hiánya sérülések miatt, és mivel „rövid” volt a kispad nem volt megvalósítható hiányosságok pótlása. Ebben a szezonban a Bayern München 3 ezüst éremmel zárt.
2012-2013 – Jupp Heynckes és a triplázás
2012–2013-as szezon előkészületi szakaszában jelentősen erősítettek. Érkezett: Mario Mandzukic a Wolfsburg csatára aki közel állt a 2012-es labdarúgó-Európa-bajnokság gólkirályi cím megnyeréséhez, Claudio Pizarro a Werder Bremen csatára, a Byern München egykori támadója és közkedvelt játékosa, Javi Martínez azAthletic Bilbao középpályása, aki a Bundesligában rekordösszeget érő pénzért 40 millió eurós kivásárlási ár ellenében jött és Dante Bonfim Costa Santos a Borussia Mönchengladbach védője.[21] A Bayern hatalmas elszántsággal vágott neki a végül történelmire alakuló 2012-2013-as szezonnak. Erre az elszántságra az a düh is szinoníma lehet, vagy legalábbis kiváltó okként szolgált, ami az előző szezon ezüstérmek terén elért triplázásból fakad.[22] Folyton egy kicsi hiányzott a trófea felé vezető úton, de hol egy elhibásott bajnokságbeli büntető, hol maga a Dortmund és a játékosok pihentetése a várvavárt fináléra, hol pedig egy Didier Drogba nevű játékos volt az utonálló ezeken az utakon. 2012 nyarán Christian Nerlinger sportigazgató helyére Matthias Sammer, egykori dortmundi és aranylabdás játékos került.[23] Jupp Heynckes és Karl-Heinz Rummenigge az Európa-bajnokság és az új szezonra való felkészülés közötti pihenésre szánt időben is folyton telefonon keresztül tanácskoztak miként kell visszatéríteni a sikerek útjára a müncheni alakulatot. Ebből a töprengésből származtak a játékosok leigazolása, és a németekre jellemző szigor, fegyelem és precizialitás megtestesítőjének Matthias Sammer sportigazgatói foglalkoztatása.
Augusztus 12-én saját stadionjában fogadta vendégül a 2012-es évben harmadik németországbeli aranyérmére hajtó Borussia Dortmundot a Bayern a Szuperkupa keretein belül. A Bayern az előző szezonban igaz, hogy nem nyert sem bajnokségot, sem kupát, de ezeket a Dortmund nyerte, így bajnoki másodikként résztvevője lehetett a tornának ami nem örvend nagy presztizsnek Németországban. 11 perc leforgása alatt 2-0 állt az Allianz Arena eredményjelzőjén. Ez az állás a Bayern Münchennek kedvezett. Az újonc Mario Mandzukic és a fiatal, de már rutinos Thomas Müller szerezték a találatokat a 6., illetve 11. játékpercben. A Dortmund Robert Lewandowski révén a 75. percben válaszolt, így módosítva a részeredményt 2-1-re, ami változatlan végeredménnyé vált.[24] Dagadó önbizalommal és kis elégtétellel vágtak neki az előttük álló szezonnak a rivális Borussia Dortmund legyőzésével.
1. Bundesliga
A bajnokságot nagyon korán, már a 28. forduló után megnyerték.[25] 26 rekordot döntött meg a Bayern a Bundesligában.[26] Erőteljes, gyors támadójátékuk először az őszi bajnoki címhez, majd rekoridejű bajnoki győzelemhez vezetett. Az bajnokság őszi-téli felében elszenvedte egyetlen vereségét a Bayer 04 Leverkusennel szemben (1-2), és három alkalommal ért el döntetlent (mindhárom esetben 1-1-re végződtek a találkozók). A téli-tavaszi felében a bajnokságnak az előző évhez képest lassú játékkal kezdtek. A Dortmundra jellemző letámadó játékkal ugrottak neki ellenfeleiknek, majd a passzjátékukat is felpörgették. Később néhány passzt követően képesek voltak az ellenfél kapuja előtt veszélyes helyzeteket kialakítani. A bajnokság második felében a Dortmund elleni 1-1-es döntetlennel záruló mérkőzésükön kívül mindegyiket megnyerték. A dortmundi szuperrangadóra nem utazott el többek között Bastian Schweinsteiger, Franck Ribéry, Arjen Robben. Ezen a szolid találkozón mindkét csapat óvatosan játszott, nehogy megsérüljön egy játékosuk a Bajnokok-ligája döntőre.[27] 91 ponttal nyerték meg a bajnokságot, 10 ponttal megjavítva a Dortmund előző szezonban 81 pontos rekordját. 25 pontos előnnyel (ligarekord) nyerte meg a Bayern a Bundesligát a második Dortmund előtt.
2. UEFA Bajnokok-ligája
A BL-ben a Bayern csoportelsőként jutott tovább Valencia előtt, majd találkozott az Arsenallal. Londonban 3-1 arányban múlta felül az angol csapatot a Bayern, viszont Münchenben már más volt a helyzet. Ott az Arsenal nyert. Az összesített eredményt 3-3-ra modifikálva, ám végül a bajor alakulat jutott tovább több idegenben szerzett góllal. Elszenvedte szezonbeli 3. egyben utolsó vereségét a Rekordbajnok. A negyeddöntőben a Juventussal mérkőztek. A „zebrákat” oda-vissza 2-0-ra verték parádés játékkal, amely a gyors előrejátékban, remek labdamegtartásban és a példás fegyelmezettségben nyílvánult meg. Tulajdonképpen az egész szezonbeli teljesítményét is így lehet összegezni.[28] Az elődöntőben az FC Barcelona lett az ellenfele a német alakulatnak. Meglepően könnyen gyűrte maga alá az addig legjobbnak elismert katalánokat, persze ez csak látszólag volt így, mert fizikálisan rendkívül meg kellett erőltetnie magát ahhoz a Bayernnek, hogy ne hagyjon ellenfele számára épkézláb helyzetet. Münchenben 4-0-ra, Barcelonában 3-0-ra győztek,[29] így már 4 éven belül harmadjára játszott a legrangosabb európai kupasorozat döntőjében. A riváliaBorussia Dortmund ellen vívtak élet-halál párbajt a Bajnokok Ligája döntőjében. Az első 20 perc Dortmund ostromokat kivédekezték, elkezdett fáradni a Dortmund, legalább is lankadt a támadójátékuk. Magához ragadta a kezdeményezést a Bayern és ezután ő dominált a finálé hátramaradt részéban a Dortmundnak további kimondott helyzetet nem engedve. A 60. percben Mario Mandzukic rúgta a labdát a Dortmund hálójába Arjen Robben badását követően. Majd tizenegyesből egyenlít a Dortmund a 67. percben. Dante meggondolatlan szerelési kísérletében gyomorszájon térdelte a Marco Reus-t, ami büntetőt eredményezett a Dortmund javára. Egyenlítettek a „sárga-feketék” a 67. percben. A továbbiakban Roman Weidenfellert, a Dortmund kapusát többször is megtornáztatta a Bayern, Subotić a gólvonalról mentette Thomas Müller labdáját, de nem sikerült gólt szerezni a bajor csapatnak. Az idő telt. A 89. percben Franck Ribéry sarkazását követően Arjen Robben gurította el a labdát Roman Weidenfeller mellett a kapuba ezzel szerezve meg a győztes gólt.[30] A Bayern München kétségkívűl a legerősebb csapattá fejlődve ült fel Európa trónjára a Wembley stadionban.
3. Német-kupa
Az első fordulóban az SSV Jahn Regensburg fogadta vendégül a Bayern Münchent otthonában, ahol a bajorok örülhettek a 4-0-ra megnyert mérkőzést követően. Október végén az 1. FC Kaiserslautern ellen léptek pályára. 4-0-os győzelmet arattak, ekkor hazai pályán. A 2012-es év utolsó DFB-Kupa-beli találkozót az FC Augsburg ellen vívták. 2-0-ra győzött a Bayern München, ám Franck Ribéryt kiállították, így összeszedett egy két mérkőzésre szóló eltiltást. Következő találkozójuk a Borussia Dortmund ellen volt pont a Bayern München 113. születésnapján. 1-0-ra győzött a Bayern München Arjen Robben mesés góljával. Az elődöntőben aWolfsburggal állt szemben a Bayern. 6-1-es végeredménnyel utasította maga mögé ellenfelét Gomez vezetésével a bajor csapat. Gomez becserelését követően 9 perc alatt 3 gólt szerzett. A gólok 6 perc terjedelme alatt estek.[31] Majdnem beállította az egykori Bayern játékos Carsten Jancker rekordját, aki mindezt 5 perc leforgása alatt tette meg.[32] A döntőt szokás szerint a berlini Olympiastadionban rendezték meg. A VfB Stuttgart legyőzésével tudta a Bayern megvalósítani a történelmi triplázást. A döntőben a Bayern dominált, és nyert 3-2 arányban.[33] A kupa gólkirálya Mario Gomez lett a maga 5 találatával.
A 2012-2013-as szezonban a Bayern München 4 trófeát gyűjtött be, végrehajtva a történelmi triplázást, ami mindezidáig a Bayernen kívül 6 csapatnak sikerült.
2013. június 1-jén a Bayern edzője, Jupp Heynckes visszavonul a labdarúgástól.[34] Mondhatni, a csúcson hagyta abba. Őt a Barcelona egykori sikeredzője, Pep Guardiola váltja a Bayern kispadján, akivel folytatni szeretnék ezt az idáig remekül alalkuló 2013-as évet.
2013-tól – Josep Guardiola
2013 júliusától átveszi a csapat irányítását Josep Guardiola, aki azelőtt a spanyol FC Barcelona vezetőedzője volt.[35] A csapathoz érkezett: Jan Kirchhoff, az 1. FSV Mainz 05 védője, Mario Götze, a Borussia Dortmund középpályása, valamint Thiago Alcantara, az FC Barcelona középpályása. A felkészülési időszákban első alkalommal nyerte meg a négycsapatos Telkom-kupát és az Uli Hoeness-kupát az FC Barcelona ellen. A szezon első tétmeccsén viszont a 2013-as német labdarúgó-szuperkupa végeredménye a Borussia Dortmund ellen 4-2-es vereséggel zárult. Augusztus 30-án megnyerték az 2013-as UEFA-szuperkupát, így a Bayern lett az első német alakulat, aki el tudta hódítani ezt a nemes trófeát.
A Bayern München történelmében új korszak kezdődött. Ez első sorban a taktikai irányzatban mutatkozott meg. Josep Guardiola kombinálta a spanyol technikát a német mentalitással. Az előző évektől és a német csapatoktól eltérő kezdőfelállást alkotott, a 4-1-4-1 -et. Első sorban a labdatartás jegyében játszik a Bayern. Az egyetlen védekező középpályás szerepe a védők passzjátékának megszilárdítása, ezáltal kevesebb a rosszul hátraadott labda vagy eladott labda. Így a szélső hátvédek feljebb „lopakodásának” dolgát könnyítik meg. A hátulról való építkezésben a két belső támadó középpályás egyike mindig segít, és egy szélső hátvéd is mindig az üresbe fut. A szélső középpályások is gyorsítják beadásaikkal, gyors passzaikkal a támadásokat. Szélen való támadás esetén a szélső hátvédek is remekül képesek játékbaavatkozni, erősíteni az adott oldalt. Ez a Bayern képes klasszikus csatár nélkül is játszani: remek labdatartásának és a játékosok gólhatékonyságának köszönhetően, de többnyire mindíg alkalmaznak csatárt. Mario Mandžukić, az első számú csatár az erős fejjátékával és parádés klasszis csatárhoz illő gólokkal biztosítja helyét a kezdő tizenegyben, ám Josep Guardiola szereti rotálni játékosait mérkőzésről-mérkőzésre, ezzel mindenkinek elegendő játéklehetőséget adva.
A szezon elején gyengélkedett a Bayern, mégis jöttek a győzelmek. Guardiola illedelmesen időt kért az első sajtótájékoztatón, mivel tudta időbe telik, míg újra az előző szezonban triplázó csapat nyomába ered a csapat játéka. Hamar sikerült elsajátítani az alapokat, és gyorsan fejlődött a bajor alakulat. A 8. fordulóban átvették a vezetést a Bundesliga tabellán az ideiglenes elsővel, a Borussia Dortmunddal helyet cserélve.[36] Eközben a Bajnokok ligájában a CSZKA Moszkva ellen és aManchester City ellen is győzött a csapat. A Borussia Dortmundot idegenben 3-0 arányban győzték le, megszilárdítva első pozíciójukat a tabellán. Ezt követően aBarcelona által 11 éven keresztül tartott zsinórban 9 mérkőzéses győzelmi sorozatot javították meg egy mérkőzéssel a CSZKA Moszkva elleni 3-1-es győzelemmel, tehát ők az új rekorderek immáron 10 mérkőzéssel.[forrás?] Ezt követően 2-0-s vezetésről fordítva 3–2-re győzött a Manchester City az Allianz Arenaban. Az év utolsó német bajnoki mérkőzését is megnyerte a HSV Hamburg ellen. Mivel ebben a fordulóban az üldözői, a Borussia Dortmund sem és a Bayer 04 Leverkusen sem tudott nyerni, így őszi bajnoknak mondhatják magukat a bajor alakulat tagjai úgy, hogy a VfB Stuttgart elleni zárófordulóbeli mérkőzést a 2014-es naptári évre halasztották. Decemberben megnyerték a 2013-as FIFA-klubvilágbajnokságot.