Karl-Heinz Rummenigge, a Bayern hamarosan leköszönő vezérigazgatója a Münchner Merkunnak adott nyilatkozatában elárulta, hogy Jürgen Klinsmann kinevezése volt a müncheni karrierjének legnagyobb hibája.
A német válogatott 2006-os szövetségi kapitánya 2008-ban és 2009-ben, összesen 10 hónapon keresztül irányította a Bayernt.
„Őszintének kell lennünk: Jürgen Klinsmann sajnos nem igazán passzolt bele a filozófiánkba. Nem egy kimondott edző, hanem inkább egy projektvezető volt. A klubnak akkor egy német topedzőt kellett alkalmazásba állítania – de szerintem néha hibázni is tudni kell – ebből is tud tanulni az ember.”
Klinsmann 2008 nyarán Ottmar Hitzfeldet váltotta le, de edzőként és pedagógusként sem vált be a münchenieknél, a szezon végét sem érte meg a padon. 43 tétmeccsen 25 győzelme volt és 9-szer kapott ki a csapatával, ezt követően Jupp Heynckes öt mérkőzésre váltotta őt le, majd Louis van Gaal épített új alapokat a Säbeneren.
A Bayernnek 2008-ban egyébként lehetőségében állt megszerezni Jürgen Kloppot a Mainz padjáról, de végül Klinsmannra esett a választás.