Az új tréner Felix Magath lett, akit a klub vezetői a VfB Stuttgarttól csábítottak a bajor fővárosba. Rögtön az első évében Németország trónjára emelte a bőrnadrágosokat a szigorú edző, Oliver Kahnék 14 ponttal előzték meg a második helyezett Schalkét a Bundesligában. A berlini Német Kupa döntőjében szintén a gelsenkircheni alakulatot múlták felül (2-1) Magathék, így a Bayern történetének ötödik duplázást ünnepelhette.
Magath tehát beváltotta a hozzáfűzött reményeket. Az új edző új módszereket is alkalmazott. Nála a rend, a fegyelem és a kondíció került előtérbe, aminek meg is lett az eredménye, hiszen a Bayern a tavaszi szezonban az utolsó nyolc bajnokiját megnyerte, és állva hagyta az őt üldöző Schalkét és Werder Brement. A Bajnokok Ligájában a csapat a legjobb nyolc közé jutott, a végállomást a Chelsea jelentette. A londoni alakulat Drogba vezérletével megálljt parancsolt Michael Ballacknak és csapatának, José Mourinho társulata az odavágón 4-2 arányban legyőzte a Bayernt, míg a müncheni visszavágón Felix Magath fiai csupán egy góllal bizonyultak jobbnak (3-2) az angoloknál.
Ez az év azonban nemcsak azért volt emlékezetes, mert a Bayern visszakerült Németország trónjára, hanem azért is, mivel ez volt a csapat utolsó szezonja, amit a müncheni Olimpia Stadionban töltött. A „bőrnadrágosok” egy újonnan épült 69.000 férőhelyes szentélybe, az Allianz Arénába tették át a székhelyüket. A 2005/2006-os szezonnak a müncheniek nagy reményekkel vágtak neki, azonban ez az év is felemásra sikerült. A bajnokságban szinte végig vezetve lettek elsők a bajorok megelőzve a Werder Brement és a HSV együttesét – a Német Kupában pedig nem találtak legyőzőre, és a döntőben Claudio Pizarro góljával 1-0-ra megverték az Eintracht Frankfurt csapatát. Magath ismét duplázott. A Bajnokok Ligájában viszont a legjobb 16 között a Milan jobbnak bizonyult Az Allianz Arénában az olaszok voltak az első csapat, akik nem vereséggel távoztak, és a visszavágón a San Siróban 4-1 arányban intézték el Felix Magath csapatát.
2006-ban Németország rendezte a Világbajnokságot, és a Nationalelf Jürgen Klinsmannal a kispadon a harmadik helyet szerezte meg. A keretben három Bayern játékos kapott helyett. Habár Oliver Kahn csak a kispadra szorult Jens Lehmann mögött, Philipp Lahm és Bastian Schweinsteiger állandó kezdő volt, és mindketten kimagasló teljesítményt nyújtottak. 2006 nyarán aztán nagy játékosmozgás kezdődött el a Bayern háza táján. A legnagyobb sztár Michael Ballack a Chelseahez szerződött, de Ballack mellett Zé Roberto és Paolo Guerrero is elhagyta a bajorokat, illetve az idény végén visszavonult két régi motoros is Bixente Lizarazu és Jens Jeremies személyében. Érkezett viszont a Hamburgtól a belga Daniel van Buyten, a nyári Világbajnokság legjobb fiataljának választott Lukas Podolski, és egy újabb holland játékos, Marc van Bommel.
A 2006/2007-es szezon viszont katasztrofálisra sikeredett: a Bayern a bajnokságban mindössze a negyedik lett, így nem kvalifikálta magát a Bajnokok Ligája következő kiírásába. Az egyetlen emlékezetes pillanat ebben a szezonban Makaay gólja volt a Real Madrid elleni visszavágón a BL nyolcaddöntőjében – a találat ugyanis minden idők leggyorsabb BL-találata volt a maga 10 másodpercével. Nem csoda, hogy februárban Magath távozni kényszerült, helyére pedig a régi-új edző, Ottmar Hitzfeld érkezett. Bár a Tábornok sem tudta megmenteni a szezont, a következő idényre is megbízatást kapott.
